والصوفية على قسمين:
القسم الهاشمي: لهم اعتقاد قريب من اعتقاد الإماميين في اليمن، في أمور كثيرة، وإن كانوا سنة، كتعظيم الهاشمية وعلي وبنيه ونهجهم باعتبارهم قرابة النبي و(آله)، كما هو مغلوط، وسب يزيد والنيل من معاوية والأمويين بشكل عام، ويتعاطفون مع الإماميين، والإماميون يتعاطفون معهم، ولا يجدون مواجهة ولا تضييقاً من قبل الإماميين.
أما القسم الثاني: وهم الصوفية اليمنيون، من غير الهاشميين، وهؤلاء كان الأئمة يضيقون عليهم، وتحدث بينهم مواجهات واعتداءات وتنكيل من قبل الإمامة، كحال العلاقة بين الإمام صلاح الدين محمد بن علي (حكمه 773 – 793هـ) مع الفقيه الصوفي أحمد بن زيد بن عطية الشاوري.
وكان هذا يقبح الإمام، وصنف كتاباً يحذر فيه من البدعة، فقصده الإمام المذكور إلى بلاده في عسكر كثير وهجموا على بيت الفقيه وقتلوه هو وولده أبو بكر وجماعة من أهله وأصحابه من غير قتال منهم ظلماً وعدواناً وذلك سنة 793هـ.
وكان هذا التصرف مصدر تذمر كبير من الصوفية بمن فيهم العلامة الكبير إسماعيل بن أبي بكر المقري المتوفي سنة 837هـ الذي قال قصيدة في الإمام:
أراني الله رأسكَ ياصلاح * تداوله الأسنةُ والرماحُ
وقد طلعت وأنت بها صريع * تقاسمك الأسنة والصِّفاحُ
لقد أطفأت للإسلام نوراً * يضيءُ العلمُ منه والصلاح
فتَكْتَ بأولياء الله بغياً * وعدواناً ولج بك الجناحُ
...إلخ القصيدة
فما كان من هذا الإمام إلا أن هلك بعد هذه الحادثة بسبب ظلم ما قام به.
قال المؤلف: اتصل العلم أن الإمام لما ارتفع عن بلد الشاوريين ، وأراد التقدم إلى بلده، سقطت به البغلة التي هو عليها، وحصل عليه شيء عظيم أفتك وركه وانكسر كعبه، وما دخل به إلى ذمار إلا في محمل، ووقف مدة في شر ما يكون ثم مات، وكان ذلك في شعبان سنة 793هـ.
كذلك قام الإمام شرف الدين بمواجهة بعض الصوفية وقتلهم في أكثر من حادثة، يخيرهم بين ترك الصوفية أو الحكم عليهم حكم المرتدين ومن ثم قتلهم.
فقد كان الإمام شرف الدين يرسخ في ذهنه